El mundial 2012 llegaba a su fase final. Solo quedaban 3 carreras y el título se iba a decidir entre el mallorquín Jorge Lorenzo y el catalán Dani Pedrosa. El de Yamaha llegaba al circuito malayo aventajando al de Honda antes de la carrera 28 puntos, pero tras el domingo, esa ventaja se reducía hasta los 22 puntos antes de la pruebas de Phillip Island y Cheste.
Los dos españoles fueron los dominadores durante los entrenamientos libres, y cuando llegó la hora de la poles, Lorenzo fue el más rápido con un 2'00.334, dos décimas más rápido que Pedrosa y Andrea Dovizioso, que cerraba la primera fila. En la segunda arrancarían Casey Stoner, en lo que sería su penúltima carrera mundialista, Cal Crutchlow y Ben Spies. Héctor Barberá abría la tercera fila como la primera Ducati, mientras que Aleix Espargaró era de nuevo la primera CRT, 12º, pero a casi un segundo del 11º, Valentino Rossi.Pero el domingo todo cambiaba. La lluvia era protagonista y en la salida, Dovi se quedaba casi clavado retrocediendo hasta la novena plaza. Lo contrario que Stefan Bradl y Rossi, que se posicionaban cuarto y quinto respectivamente. Con Lorenzo y Pedrosa ya en cabeza, ambos empezaron abriendo hueco, dejando atrás desde la primera vuelta a un numeroso grupo que lideraba Stoner, que llegaba lesionado del tobillo.
Las vueltas seguían pasando y a pesar de la lluvia, Pedrosa se encontraba cómodo detrás de Lorenzo. El compañero de éste en Yamaha, Spies, se fue al suelo, con la mala suerte de lesionarse en su muñeca izquierda. Dos vueltas después Dovizioso también caía cuando intentaba coger a Stoner. En ese momento Pedrosa pasaba al ataque y lideraba la carrera, escapándose décima a décima. A 9 del final la lluvia iba a más, y Crutchalow también se iba al suelo, en la frenada de la última curva. En el mismo punto de Randy de Puniet, segundos más tarde. Bradl también hacía lo propio una vuelta más tarde y la pista cada vez estaba más impracticable.
Ivá Silva tampoco terminaba la carrera, en el momento clave de la carrera donde Stoner reducía considerablemente su desventaja con Lorenzo. El #99 decidió levantar la mano para parar la carrera, y estuvo a punto de irse al suelo. Justo después se sacaría la bandera roja a 5 vueltas del final y la carrera se daba por concluida. Pedrosa así se hacía con su primera victoria bajo la lluvia y seguía soñando con el mundial. Lorenzo y Stoner le acompañaban en el podio, con las Ducati de Nicky Hayden y Rossi completando el top 5. A continuación, Álvaro Bautista, Barberá y Espargaró. Solo 13 pilotos finalizaron la carrera.
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